Sébastien Wonner a étudié le clavecin et la basse continue avec Aline Zylberajch et Martin Gester au Conservatoire de Strasbourg. Organiste, il a travaillé cet instrument avec Raphaële Garreau de Labarre, André Stricker et Christophe Mantoux. Son intérêt pour l’improvisation l’amène à recevoir les conseils et à travailler avec Freddy Eichelberger. Il bénéficiera des leçons de Pierre Hantaï également.
Son goût l’amène à fréquenter souvent la musique des XVIè et XVIIè siècles et la musique vocale avec des ensembles tels la Chapelle Rhénane, Doulce Mémoire, La Rêveuse, l’ensemble Clément Janequin, Consonance, les Witches, les Sacqueboutiers ou Akâdemia avec qui il a enregistré plusieurs disques (Symphoniae sacrae, Magnificat d’Uppsala, Musikalische Exequien, Weihnachtshistorie de H. Schütz, Motets de S. Capricornus, Membra Jesu Nostri , Sonates et Cantates de D. Buxtehude, Dolci Affetti, Madrigaux de P. Verdelot, Heureux qui comme Ulysse sur des textes de J. du Bellay, la Passion selon Saint Jean de J.S. Bach, Le Messie de G.F. Händel, le Manuscrit de Suzanne van Soldt, La Morte d’Orfeo de S. Landi chez les labels K617, Alpha, Zig-Zag Territoire (Outhere), Mirare, Ricercar). Un album consacré à la musique de clavecin solo de J.P. Sweelinck a été salué par la critique ainsi qu’une récente parution dédiée à Andrea Gabrieli au label l’Encelade. Soliste ou chambriste, il recherche surtout la diversité des expériences sur toutes sortes d’instruments (orgues historiques, clavicordes,…) y compris dans des répertoires peu fréquentés ou en improvisation.
Ses voyages l’ont amené à jouer en Amérique du Sud et du Nord, au Japon et dans beaucoup de pays d’Europe mais c’est à Tours qu’il enseigne avec passion le clavecin au sein du Département de Musique Ancienne du Conservatoire à Rayonnement Régional, département qu’il dirige aujourd’hui.